El organigrama del Real Instituto Elcano se estructura de la forma siguiente: de la Dirección dependen dos Subdirecciones, una de Investigación y Análisis, y otra de Relaciones Institucionales. La primera coordina la producción de estudios y documentos mientras que la segunda es responsable de su difusión; la organización de actividades es compartida, en sus diferentes aspectos, por las dos subdirecciones.

Actualmente es Subdirector de Investigación y Análisis Charles Powell y Subdirectora de Relaciones Institucionales Pilar Tena.